Правоохранительная деятельность является одной из составляющей работы таможенных органов. Деятельность Московской таможни осуществляется во взаимодействии с правоохранительными органами г. Москвы.
В текущем году в Московской таможне зарегистрировано 3067 дел об административных правонарушениях, в том числе возбужденных подразделениями Московской таможни - 2674 дела об АП. За указанный период вынесено 3620 постановлений о назначении наказания (с учетом перешедших с 2018 г.). Сумма штрафов, наложенных таможенным органом, составила 2 078 742,63 тыс. руб.
В настоящее время доля взысканных штрафов по переданным на исполнение постановлениям составляет 87,95 %.
В 2019 г. наблюдается снижение количества дел об административных правонарушениях (на 58 % меньше в сравнении с аналогичным периодом прошлого года), которое обусловлено несколькими факторами: в целях стабилизации ситуации в Московском регионе Центральной оперативной таможней принято решение о перераспределении дел об АП по валютному законодательству в другие таможенные органы; нехваткой кадрового состава для принятия решения о возбуждении дел об АП по заполнению статистических форм отчетности.
Московской таможней зарегистрировано 219 сообщений о преступлениях, по результатам которых возбуждено 8 уголовных дел (незаконное перемещение через таможенную границу Таможенного союза в рамках ЕврАзЭС либо Государственную границу Российской Федерации с государствами - членами Таможенного союза в рамках ЕврАзЭС наркотических средств, уклонение от уплаты таможенных платежей) и 175 материалов передано по подследственности в органы предварительного следствия.